Nasceu a 22 de Outubro de 1939 na aldeia remota de Malehice, distrito de Chibuto, província de Gaza.Frequentou o ensino primário numa escola oficial na cidade de Xai-Xai, actual capital provincial de Gaza.
Em 1951, o jovem Joaquim Chissano logrou tornar-se no primeiro negro a matricular-se no Liceu Salazar (actual Escola Secundária Josina Machel), onde fez os seus estudos secundários.
Nessa altura, Joaquim Chissano integrou o Núcleo dos Estudantes Secundários Africanos de Moçambique (NESAM), organização de que se tornou seu líder.
Depois de concluir o ensino secundário em 1960 partiu para Portugal afim de cursar medicina. Entretanto, em 1961 viu-se na contingência de fugir deste país, integrando um numeroso grupo de estudantes provenientes das então colónias portuguesas de África, devido a perseguição de que estavam sujeitos pela Policia Secreta Portuguesa (PIDE) devido às suas convicções no que diz respeito ao direito à auto-determinação dos seus povos. Chegado à Paris na França estabeleceu contactos com Dr. Eduardo Chivambo Mondlane, um moçambicano então professor na Universidade de Siracusa que viera dos Estados Unidos da América de propósitos para se encontrar com os estudantes moçambicanos que entretanto haviam fundado a União Nacional dos Estudantes Moçambicanos (UNEMO). Com objectivo de continuar com os estudos matriculou-se na Universidade de Poitiers, em França.
Em Abril de 1962 Joaquim Chissano viajou para Dar Es Salaam a fim de, em representação da União dos Estudantes Moçambicanos, de que era Presidente, tentar convencer os Movimentos de Libertação ali sediados a unirem-se numa FRENTE DE LIBERTAÇÃO NACIONAL.
Como corolário de esforços conjugados com vários outros compatriotas liderados por Eduardo Mondlane, a FRENTE DE LIBERTAÇÃO DE MOÇAMBIQUE (FRELIMO) foi formalmente fundada a 25 de Junho de 1962, em Dar-Es-Salaam, Tanzania.
A consciência patriótica de Joaquim Chissano leva-o a responder positivamente ao chamamento da FRELIMO, que ajudou a formar, e abandonar os estudos, em 1963, de modo a fixar-se na Tanzania afim de servir mais directamente a causa da libertação nacional.
Dadas as suas qualidades de liderança e a sua entrega é pouco tempo depois da sua chegada designado Secretário Particular do Presidente Eduardo Mondlane e Assistente deste nas funções de Chefe do Departamento de Educação e por inerência de funções torna-se membro do Comité Central da FRELIMO.
Em 1964 acumula as suas funções com as de subtítulo do Chefe de Departamento de Segurança e Defesa. No mesmo ano recebe uma formação militar em Moscovo. De regresso, em 1965, reassume as suas funções na Educação e participa como professor nas actividades da Escola Secundária da FRELIMO e do Instituto Moçambicano.
Em 1966 volta à formação militar. De regresso é nomeado chefe do Departamento da Segurança que é encarregado de criar, já separado do Departamento de Defesa.
Em 1968 participa no II Congresso da FRELIMO, realizado em Matchedje, uma zona libertada da província do Niassa, no Norte de Moçambique. Ali foi eleito membro do Comité central.
Em 1969 Joaquim Chissano é nomeado Representante Permanente da FRELIMO na Tanzânia cargo que acumulou com a de Chefe do Departamento de Segurança.
Chissano jogou um papel fundamental nas negociações dos Acordos de Lusaka, assinados a 7 de Setembro de 1974, entre a FRELIMO e o Governo Português, sobre a Independência de Moçambique.
A 20 de Setembro de 1974, com apenas 35 anos de idade, Joaquim Chissano toma posse como Primeiro-Ministro do Governo de Transição que conduziria Moçambique à proclamação da sua Independência Nacional, a 25 de Junho de 1975.
Depois da proclamação da Independência, Chissano é nomeado Ministro dos Negócios Estrangeiros. Como chefe da diplomacia moçambicana ajudou o país a granjear respeito e simpatia em todo o Mundo, do oriente ao ocidente e do norte ao sul.
Chissano participou com a equipa de Samora Machel na preparação e direcção das negociações do Acordo de N’Komati embora não tomasse parte nos contactos directos para não dar aso a um relacionamento diplomático com a África do Sul. Fez parte na delegação que acompanhou o Presidente Machel à assinatura do mesmo acordo na fronteira com África do Sul em 1984. Com a morte trágica do Presidente Samora Machel, em 1986, Joaquim Chissano é eleito Presidente da República Popular de Moçambique.
Como Chefe do Estado, Chissano conduziu com sucesso profundas reformas sócioeconómicas no país, fundamentalmente consubstanciadas na Constituição de 1990, que abriu Moçambique ao multipartidarismo e á economia de mercado.
Chissano conduziu igualmente com sucesso as negociações com o ex-movimento armado Renamo para o fim de 16 anos de uma guerra de desestabilização que dilacerou o tecido social e económico do país. O Acordo de paz foi assinado a 4 de Outubro de 1992, levando a que o povo carinhosamente o tratasse por “Obreiro da Paz”.
Em 1994 venceu as primeiras eleições multipartidárias na história do país, tendo sido reeleito Presidente da República em 1999. Apesar de o número 5 do artigo118 da Constituição moçambicana permitir que possa concorrer nas eleições presidenciais de 2004, Joaquim Chissano voluntariamente decidiu não o fazer.
Como Chefe de Estado moçambicano, Chissano ocupou altos cargos em organizações internacionais, nomeadamente, Presidente da Comunidade de Países de Língua Portuguesa (CPLP); Presidente da Comunidade para o Desenvolvimento da África Austral (SADC); Presidente do Órgão da SADC para a Cooperação nas Áreas de Política, Defesa e Segurança e Vice-Presidente da Internacional Socialista. Em Julho de 2003, foi eleito Presidente da União Africana.
Chissano é poliglota. Fala fluentemente cinco línguas: Changana, Português, Swahili, Inglês e Francês. Comunica em mais três línguas: Espanhol, Italiano e Russo.
É casado com Marcelina Rafael Chissano com que tem 4 filhos.
